New Features of Parallel Implementation of N-Body Problems on GPU

Авторы

  • S. S. Khrapov Волгоградский государственный университет
  • S. A. Khoperskov Институт астрономии РАН
  • A. V. Khoperskov Волгоградский государственный университет

DOI:

https://doi.org/10.14529/mmp180111

Ключевые слова:

Multi-GPU, OpenMP-CUDA, GPU-Direct, Nvidia Tesla, задача N-тел, одинарная и двойная точность численных решений, звездный галактический диск, гравитационная неустойчивость.

Аннотация

Рассмотрены особенности параллельной реализации прямого гравитационного моделирования N-тел на нескольких GPU с использованием технологии GPU-Direct. Подробно описан параллельный алгоритм решения задачи N-тел, основанный на гибридной технологии распараллеливания OpenMP-CUDA с количеством частиц Nsim 10^5div 10^7. Исследована эффективность распараллеливания нашего алгоритма для различных GPU линейки Nvidia Tesla (K20, K40, K80) при моделировании динамики гравитационно-неустойчивого звездного галактического диска. Изучена производительность и точность моделирования при использовании чисел одинарной и двойной точности. Так, например, для процессора Nvidia Tesla K80 время вычислений с двойной точностью оказалась всего лишь в 1,85 раз больше чем для одинарной точности. Показано, что использовать числа с одинарной точностью при моделировании на GPU сильно несимметричных систем взаимодействующих N-тел схемами второго порядка точности по времени некорректно, так как это приводит к значительным количественным и качественным искажениям результата. Так, например, для чисел одинарной точности после 10^4 шагов по времени полные энергия, импульс и момент импульса системы N-тел (N=2^{20}) сохранились с точностью менее 2 cdot 10^{-3}, 4cdot 10^{-2} и 7cdot 10^{-3}, соответственно. Для чисел двойной точности эти законы сохранения выполнялись с точностью более 5cdot 10^{-5}, 10^{-15} и 10^{-13}, соответственно. Наши оценки показывают, что по шкале производительность-точность использование схем второго порядка точности по времени наряду с числами двойной точности оказывается на 20-30

Биографии авторов

S. S. Khrapov, Волгоградский государственный университет

Кандидат физико-математических наук

S. A. Khoperskov, Институт астрономии РАН

Кандидат физико-математических наук

A. V. Khoperskov, Волгоградский государственный университет

Доктор физико-математических наук

Библиографические ссылки

Fridman, A.M. Physics of Galactic Disks / A.M. Fridman, A.V. Khoperskov. - Cambridge: Cambridge International Science Publishing, 2013.

Kennedy, G.F. The DRAGON Simulations: Globular Cluster Evolution with a Million Stars / G.F. Kennedy, Y. Meiron, B. Shukirgaliyev, T. Panamarev, P. Berczik et al // Monthly

Notices of the Royal Astronomical Society. - 2016. - V. 458, 2. - P. 1450-1465.

Khrapov S., Khoperskov A. Smoothed-Particle Hydrodynamics Models: Implementation Features on GPUs //Communications in Computer and Information Science. - 2017. - V. 793, pp. 266-277.

Smirnov, A.A. Simulations of Slow Bars in Anisotropic Disk Systems / A.A. Smirnov, N.Ya. Sotnikova, A.A. Koshkin // Astronomy Letters. - 2017. - V. 43, 2. - P. 61-74.

Comparat, J. Accurate Mass and Velocity Functions Of Dark Matter Haloes / J. Comparat, F. Prada, G. Yepes, A. Klypin // Monthly Notices of the Royal Astronomical Society. - 2017.- V. 469, 4. - P. 4157-4174.

Knebe, A. Multidark-Galaxies: Data Release and First Results / A. Knebe, D. Stoppacher, F. Prada, C. Behrens, A. Benson et al. // Monthly Notices of the Royal Astronomical Society. - 2018. - V. 474, 4. - P. 5206-5231.

Hwang, J.-S. Effects of Hot Halo Gas on Star Formation and Mass Transfer During Distant Galaxy-Galaxy Encounters / J.-S. Hwang, C. Park // The Astrophysical Journal. - 2015. - V. 805. - pp. 131-149.

Portaluri, E. The Kinematics of σ-Drop Bulges from Spectral Synthesis Modelling of a Hydrodynamical Simulation / E. Portaluri, V. Debattista, M. Fabricius, D.R. Cole, E. Corsini et al // Monthly Notices of the Royal Astronomical Society. - 2017. - V. 467, 1. - P. 1008-1015.

Khoperskov, A.V. High Resolution Simulations of Unstable Modes in a Collisionless Disc / A.V. Khoperskov, A. Just, V.I. Korchagin, M.A. Jalali // Astronomy and Astrophysics. - 2007. - V. 473. - pp. 31-40.

Gelato, S. An Adaptive Hierarchical Particle-Mesh Code with Isolated Boundary Conditions/ S. Gelato, D.F. Chernof, I. Wasserman // The Astrophysical Journal. - 1997. - V. 480. - P. 115-131.

Barnes, J. A Hierarchical O(N log N) Force-Calculation Algorithm / J. Barnes, P. Hut // Nature. - 1986. - V. 324. - P. 446-449.

Greengard, L. The Numerical Solution of the N-Body Problem / L. Greengard // Computers in Physics. - 1990. - V. 4. - P. 142-152.

Huang, S.-Y. Performance Analysis of Parallel Gravitational N- Body Codes on Large Gpu Clusters / S.-Y. Huang, R. Spurzem, P. Berczik // Research in Astronomy and Astrophysics. - 2016. - V. 16, - P. 11.

Steinberg O.B. Circular Shift of Loop Body - Programme Transformation, Promoting Parallelism. Bulletin of the South Ural State University. Series: Mathematical Modelling, Programming and Computer Software, 2017, vol. 10, no. 3, pp. 120-132. DOI: 10.14529/mmp170310

Khoperskov, A. Numerical Modelling of the Vertical Structure and Dark Halo Parameters in Disc Galaxies / A. Khoperskov, D. Bizyaev, N. Tiurina, M. Butenko // Astronomische Nachrichten. - 2010. - V. 331. - P. 731-745.

Khoperskov, A.V. Interaction between Collisionless Galactic Discs and Nonaxissymmetric Dark Matter Haloes / A.V. Khoperskov, S.A. Khoperskov, A.V. Zasov, D.V. Bizyaev, S.S. Khrapov // Monthly Notices of the Royal Astronomical Society. - 2013. - V. 431. - P. 1230-1239

Khoperskov S.A., Vasiliev E.O., Khoperskov A.V., Lubimov V.N. Numerical Code for MultiComponent Galaxies: from N-Body to Chemistry and Magnetic Fields. Journal of Physics: Conference Series, 2014, vol. 510, pp. 1-13. DOI: 10.1088/1742-

/510/1/012011

Rodionov S.A., Athanassoula E., Sotnikova N.Ya. An Iterative Method for Constructing Equilibrium Phase Models of Stellar Systems. Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, 2009, vol. 392, no. 2, pp. 904-916. DOI: 10.1111/j.1365- 2966.2008.14110.x

Bellemana R.G., Jeroen B., Simon F., Portegies Z. High Performance Direct Gravitational N-Body Simulations on Graphics Processing Units: An Implementation in CUDA. New Astronomy, 2008, vol. 13, pp. 103-112. DOI: 10.1016/j.newast.2007.07.004

Griv E., Wang H.-H. Density Wave Formation in Dierentially Rotating Disk Galaxies: Hydrodynamic Simulation of the Linear Regime. New Astronomy, 2014, vol. 30, pp. 8-27. DOI: 10.1016/j.newast.2014.01.001

Romeo A., Falstad N. A Simple and Accurate Approximation for the Q Stability Parameter in Multicomponent and Realistically Thick Discs. Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, 2013, vol. 433, no. 2, pp. 1389-1397. DOI: 10.1093/mnras/stt809

Загрузки

Опубликован

2018-04-04

Выпуск

Раздел

Программирование